A história do Shindo Muso Ryu está profundamente ligada a outra importante figura do kobudo, o mais famoso samurai de todos os tempos, Miyamoto Musashi Sensei.
O caminho dos dois samurais se cruzou por duas vezes, sendo a primeira no ano de 1605. O local de encontro, assim como muitos outros detalhes destes embates, diverge de acordo com as fontes, podendo ter sido em Akashi, na província de Harima ou em Edo (atual Tóquio). Muso Gonnosuke era um samurai em musha shugyo, peregrinação guerreira para aprimoramento técnico e espiritual. Tendo aprendido o estilo Kasumi Shinto Ryu com Sakurai Osumi No Kami Yoshikatsu e também estudado os estilos Kashima Jikishinkage Ryu e Katori Shinto Ryu, Gonnosuke esperava se aprimorar para poder criar seu próprio estilo.
Existem diversas versões para o duelo, com pequenas diferenças nos detalhes, especialmente sobre as armas que os oponentes usaram. Segundo o Niten Ki, uma compilação dos duelos de Miyamoto Musashi feita por seus discípulos uma geração após sua morte, Musashi Sensei não utilizou duas espadas no duelo, mas uma espada de madeira improvisada a partir de um arco que estava construindo. Vale a pena destacar também que o Niten Ki relata só o primeiro duelo entre Gonnosuke e Musashi, sendo o segundo encontro narrado por um único documento conhecido atualmente. De acordo com Kaminoda Tsunemori Sensei, atualmente a maior autoridade viva no jojutsu, não se sabe ao certo se Musashi usou ou não duas espadas nos duelos.
De acordo com os relatos, quando encontrou Musashi Sensei, Gonnosuke se encontrava acompanhado de seis discípulos. Supostamente, Gonnosuke teria duelado com o pai de Musashi, Shinmen Munisai. Gonnosuke desafiou Musashi Sensei para uma demonstração para seus alunos, ao que Musashi teria respondido que seu estilo não era para demonstrações, mas que, não importava como viesse, Gonnosuke seria vencido.
Armado com uma espada longa de madeira (ou um bo, de acordo com outra versão do relato), Gonnosuke partiu para o ataque, mas não conseguiu vencer Musashi. De acordo com Kaminoda Sensei, depois do duelo, os dois guerreiros teriam se reunido e conversado longamente sobre o Caminho da espada, estratégias e técnicas.
Tanto Musashi Sensei como Gonnosuke eram conhecidos não só pela destreza técnica ímpar, mas também pela força física e pela estatura acima da média da época. A espada de madeira que Gonnosuke teria usado no duelo contra Musashi media mais de 1,20 m. A força física de Musashi também era conhecida por episódios como o duelo contra Sasaki Kojiro, a quem abateu usando uma espada de madeira feita com um remo quebrado.
Após o duelo, Gonnosuke resolveu se isolar no templo de Kamado, na província de Chikuzen, onde treinou intensivamente para buscar uma técnica capaz de vencer as duas espadas de Miyamoto Musashi.
No 37º dia de treinamento intensivo, Gonnosuke idealizou seu estilo através de um sonho. No sonho, uma criança disse a Gonnosuke: “maruki wo motte, suigetsu wo shire”, ou seja, “segure um bastão arredondado e descubra o suigetsu”. Suigetsu é um termo difícil tradução. Significa literalmente “a lua sobre a água”. Refere-se também ao plexo solar, um ponto vital usado em muitas tradições marciais.
Como resultado do sonho, Gonnosuke criou o jo, um bastão de madeira de 1,28m capaz de vencer a espada. Gonnosuke elaborou as técnicas da nova arma com base nas técnicas e nos princípios do Kasumi Shinto Ryu Kenjutsu, assim como nos outros estilos que dominava.
Os relatos do Shindo Muso Ryu falam de um segundo confronto, na cidade-castelo de Himeji. Graças à versatilidade do bastão, Gonnosuke teria conseguido “empatar” com Musashi. Quando teve o bastão imobilizado pelas duas espadas de Musashi, Gonnosuke usou a outra extremidade do bastão para golpeá-lo no suigetsu. O método de Gonnosuke lhe possibilitou vencer a luta sem precisar tomar a vida do adversário, da mesma forma que Musashi fizera com ele antes.
No Instituto Niten, ambos os estilos são praticados, tanto o Niten Ichi Ryu de Musashi Sensei como o Shindo Muso Ryu de Muso Gonnosuke. É uma oportunidade, provavelmente única no mundo, de vislumbrar ambos os lados desse confronto entre dois dos maiores estrategistas da história.